Quarante mille milliards de colocataires : le microbiote, notre allié invisible

Tu te crois seul dans ta peau ? Ton corps héberge environ quarante mille milliards de bactéries, à peu près autant que tes propres cellules, plus des virus, des levures et des archées, sur ta peau, dans ta bouche, tes poumons, tes organes génitaux et surtout ton côlon : c'est ton microbiote. Loin d'être des envahisseurs, ces micro-organismes digèrent pour toi, te protègent et entraînent tes défenses.

1. Un écosystème dans ton ventre

Le microbiote intestinal est le plus peuplé : de l'ordre de 10¹³ à 10¹⁴ bactéries, environ 200 g d'après les estimations récentes (on lisait autrefois « un à deux kilos »). Chaque personne héberge environ 160 espèces sur un millier connues : un microbiote est aussi personnel qu'une empreinte digitale. Ces bactéries sont pour la plupart anaérobies (sans dioxygène), et leurs gènes réunis sont 150 fois plus nombreux que les 20 000 gènes humains. Cet écosystème se nourrit de ce que nous ne digérons pas : les fibres des végétaux.

2. Une acquisition qui commence à la naissance

Dans l'utérus, le fœtus est pratiquement stérile. Tout commence à la naissance : un bébé né par voie basse est colonisé par les bactéries du vagin et de l'intestin de sa mère, surtout des lactobacilles ; né par césarienne, il reçoit d'abord des bactéries de la peau et de l'environnement. Le lait maternel contient des sucres complexes, les oligosaccharides, que le nourrisson ne digère pas mais qui nourrissent les bifidobactéries : l'allaitement sélectionne ainsi les premiers habitants. Puis chaque aliment, chaque contact, chaque animal de compagnie enrichit la communauté. Vers 3 ans, le microbiote ressemble à celui d'un adulte et se stabilise, tout en variant encore avec l'alimentation, l'âge, les voyages et les médicaments.

3. Des fonctions indispensables

Digérer l'indigeste. Nos enzymes ne découpent ni la cellulose ni la plupart des fibres. Les bactéries du côlon les fermentent en acides gras à chaîne courte (butyrate, propionate, acétate), qui nourrissent les cellules de la paroi du côlon et fournissent jusqu'à 10 % de notre énergie ; elles synthétisent aussi des vitamines, dont la vitamine K et plusieurs vitamines B.

Faire barrage. Les bactéries installées occupent la place et la nourriture, acidifient le milieu et sécrètent des substances antimicrobiennes : un microbe pathogène avalé trouve porte close, c'est l'effet barrière. Dans le vagin, les lactobacilles maintiennent un pH acide qui bloque la plupart des infections.

Éduquer l'immunité. L'intestin abrite la majorité des cellules immunitaires du corps. Dès les premiers mois, le contact avec le microbiote apprend au système immunitaire à tolérer les hôtes utiles et à attaquer les intrus. Exemple : des souris axéniques, élevées sans aucun microbe, ont une paroi intestinale moins développée, des plaques de Peyer (amas de lymphocytes) rabougries, très peu d'anticorps intestinaux, et doivent manger 30 % de plus pour garder leur poids ; leur transférer un microbiote normal corrige ces défauts en quelques semaines.

4. Quand l'équilibre se rompt : la dysbiose

Un traitement antibiotique tue aussi les bactéries utiles : la diversité du microbiote chute et met des semaines, parfois des mois, à se rétablir ; pendant ce temps, l'effet barrière faiblit. Chez des patients fragiles, une bactérie opportuniste, Clostridioides difficile, en profite pour proliférer et provoquer des diarrhées graves. Quand les antibiotiques échouent, on pratique une transplantation de microbiote fécal : les selles d'un donneur sain, filtrées, sont transférées dans l'intestin du malade. Dans un essai néerlandais de 2013, 81 % des patients ont guéri après une transplantation, contre 31 % avec l'antibiotique seul.

Une dysbiose, microbiote appauvri ou déséquilibré, est aussi associée à l'obésité, au diabète de type 2, aux maladies inflammatoires de l'intestin (maladie de Crohn) et aux allergies. Exemple : en 2006, des souris axéniques recevant le microbiote de souris obèses ont gagné 47 % de masse grasse en deux semaines, contre 27 % avec celui de souris minces, à nourriture égale. Le microbiote n'est donc pas qu'un témoin : il peut être une cause. Attention : ce qui est démontré chez la souris n'est pas automatiquement vrai chez l'humain, et bien des cures de probiotiques relèvent du marketing.

Pour entretenir son microbiote : des fibres variées (légumes, légumineuses, fruits, céréales complètes), qui sont des prébiotiques, des aliments fermentés (yaourt, choucroute, kéfir), qui apportent des probiotiques, des antibiotiques seulement si nécessaire, et du temps dehors.

À retenir

• Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, archées, virus, levures) qui vivent avec nous ; l'intestinal est le plus abondant.
• Il s'acquiert à la naissance, se construit par l'allaitement et l'alimentation, et se stabilise vers 3 ans.
• Il digère les fibres en acides gras à chaîne courte, fabrique des vitamines, exerce un effet barrière et éduque le système immunitaire.
• La dysbiose (antibiotiques, alimentation pauvre en fibres) favorise infections et maladies ; transplantation fécale et alimentation riche en fibres la corrigent.

★ Pour aller plus loin

Ton intestin parle à ton cerveau : tapissé de plusieurs centaines de millions de neurones, il produit la plus grande partie de la sérotonine du corps, et certaines bactéries modifient cette production. Chez la souris, le microbiote d'un animal anxieux rend le receveur plus craintif : cet « axe intestin-cerveau » est un domaine de recherche très actif.

Nous ne sommes pas une exception : les termites digèrent le bois grâce aux microbes de leur tube digestif, les vaches grâce au rumen, immense cuve de fermentation, et le corail vit avec des algues logées dans ses cellules. Comme le dit le titre d'un livre de Marc-André Selosse : jamais seul.

Sources pour creuser

• Giulia Enders, Le Charme discret de l'intestin (Actes Sud) : drôle et rigoureux, le livre qui a popularisé le microbiote.
• Marc-André Selosse, Jamais seul : ces microbes qui construisent les plantes, les animaux et les civilisations (Actes Sud) : dense, à picorer.
• Chaînes YouTube DirtyBiology (vidéos sur le microbiote) et C'est pas sorcier (microbes, digestion).
• inserm.fr, dossier « Microbiote intestinal (flore intestinale) » ; inrae.fr et lumni.fr.